Прикупљање предмета и формирање збирке „Други светски рат у Топлици“, почело је одмах по оснивању музеја, 1946. године. Збирка садржи историјску грађу Прокупља и Топлице из периода Другог светског рата. У збирци се налазе архива, грађа, оружје и лични предмети партизана и четника, фотографије и документа интернираца и ратних заробљеника. Експонати из збирке изложени су у поставци „Прокупље у двадесетом веку“. Значајни део збирке чине фотографије и документа из фонда Слободана Несторовића Баје (1888-1981), уредника и директора Топличких новина, Народних новина и уредника дневног листа Политика. Збирка садржи 560 предмета, фотографија и докумената у IMUS-у.
Руководилац збирке је музејски саветник, Дарко Жарић.
Пушка Ратка Павловића – Ћићка
Народни херој, Ратко Павловић Ћићко, рођен је 1. марта 1913. године у Бериљу. У Прокупљу је завршио ниже разреде гимназије. После петог разреда наставио је школовање у Лесковцу и Београду. Правни факултет уписао је у Београду 1932. године. Члан је КПЈ од 1935. године. Студије је наставио у Прагу 1935. године на Економском факултету. Био је учесник у Шпанском грађанском рату од 1936. године у редовима шпанске републиканске војске. После априлске капитулације, 1941. године, вратио се у Топлицу у којој постаје један од организатора партизанске борбе. Био је командир Пасјачке и Косаничке чете, заменик команданта Топличког одреда, начелник штаба Јабланичко-пасјачког одреда и командант II Јужноморавског одреда. Убијен је 26. априла 1943. године код села Стрезимировци. После рата, 9.5.1945. године постхумно је одликован орденом Народног хероја од стране ФНРЈ и Орденом отаџбинског рата првог степена одлуком Президијума СССР-а.
„Јуришна“ односно „четничка“ пушка М-1924 ЧК, била је најинтересантнији производ крагујевачке фабрике, намењен специјалним трупама југословенске војске. Ово оружје развијено је било на бази извозног „ФН“ карабина М.24 као и чехословачке кратке четничке пушке и мускетона vz 98/29. У питању је редак примерак о коме нема много изворних података. Кратак историјат јуришних јединица југословенске војске указује на две чињенице: да производња јуришних пушака у Крагујевцу није почела пре маја 1940. године и да их није било произведено више од 5. 000-6. 000. То потврђују серијски бројеви пушака сачуваних у српским музејима. Пушка која је припадала Ратку Павловићу Ћићку, има на затварачу утиснут број 1693, а на кундаку је урезана звезда петокрака изнад које је утиснут текст на металној плочици „Р. Павловић“. Пушку је поклонила музеју Петрана, мајка Ратка Павловића Ћићка.
Инструмент за трансфузију крви лекара Војислава Стојановића
Војислав Стојановић рођен је 1906. године у Нишу у коме је завршио основну школу и гимназију. Медицински факултет у Београду уписао је 1924. године а дипломирао 1929. године. Након тога је ступио у војну службу и почео специјализацију из хирургије. По завршеној специјализацији био је постављен за шефа хирушког одељења Косовске војне болнице. Ту подноси оставку 1938. године и прелази на дужност шефа хирушког одељења Бановинске болнице у Прокупљу. Био је симпатизер КПЈ и помагао је партију колико је могао, све до 1941. године када узима учешће у НОБ-у као хирург. Доласком бугарске војске у Прокупље 9. јануара 1942. године и после њихове блокаде града 27. јануара заједно са присталицама партизана напушта Прокупље. Од 1943. године био је члан КПЈ. У рату је био главни хирург у Јабланичком војничком подручју а после начелник санитета 25. дивизије. За хирурга главног штаба НОБ и ПОЈ постављен је 1944. године. На Сремском фронту руководио је целом хирушком службом све до 1945. године, када је именован за главног хирурга Главне војне болнице и главног хирурга ЈНА. Демобилисан је 1949. године у чину санитетског пуковника. Руководио је II хирушком клиником од њеног оснивања 1946. године, па све до 1977. године, када одлази у пензију. Професор Стојановић је умро 18. јануара 1991. године у Београду, где је и сахрањен у Алеји великана на Новом гробљу.
Инструмент за трансфузију крви који се налази у Народном музеју Топлице, користио је овај славни хирург, за хирушке интервенције код бораца у Топлици, НОП одреду и у болници Јабланичког подручја. То је апарат фабричке израде, стаклен, хромиран, на коме се налазе две ручице за славине, стаклена чаша са држачем и четири гумена црева.
Логорашка блуза из Маутхаузена
Један од раритета који се налазе у музеју, свакако је логорашка блуза из логора за политичке заробљенике „Маутхаузен“ у Аустрији. Ову логорашку блузу носио је прокупчанин, Божидар Пантић- Печурче. Пре хапшења, марта 1943. године, радио је као апотекарски помоћник у Прокупљу. У логор „Маутхаузен“ био је интерниран 20. априла 1943. године, где је добио логорашки број „27.526“. Када је завршен рат, вратио се у свој родни град. Блузу коју је носио у логору као заробљеник, поклонио је по доласку музеју. Као и све логорашке блузе, и ова има уздужне пруге и закопчава се дугмадима.